options(repos = list(CRAN="http://cran.rstudio.com/"))Die Programmiersprache R und ihre IDE
Die Basis aller vorgestellten Auswertungen bildet hier die Programmiersprache R. Ich verwende ausschließlich die von RStudio (ab Oktober 2022 umfirmiert zu posit ) bereit gestellte IDE, um alle Dateien zu editieren, den Code laufen zu lassen, und die verschiedenen Ausgabe-Optionen zu nutzen.
Ausschreibungssprache Quarto
Die eigentlichen programmierten R-Code-Sequenzen (“Chunk”) werden über eine einfache Ausschreibungssprache (Markdown) verbunden. Seit kurzem hat die bisher verwendete und auf Pandoc basierende Ausschreibungssprache R Markdown in Quarto eine Nachfolge gefunden. In diesem Blog wird durchgehend Quarto verwendet, was seit Mitte 2022 in einer stabilen Version verfügbar ist.
Vielfältige Optionen für die Ausgabe
Diese Programmierumgebung bietet unter anderem den Vorteil, auf recht einfache Weise das Endprodukt unserer Bemühungen in einem weiten Bereich definieren zu können. Mit gleichem Code kann eine komplexe Website, eine Slide-Präsentation oder eine wissenschaftliche Dokumentation im PDF-Format erstellt werden - bis hin zu einem druckfertigen Buch.
In der Quarto-Dokumentation findet sich die folgende Grafik, die ganz anschaulich den Workflow und die geschilderten Optionen zusammenfasst:
flowchart LR
A[qmd] --> B(Knitr)
A[qmd] --> C(Jupyter)
B(Knitr) --> D[md]
C(Jupyter) --> D[md]
D[md] --> E(pandoc)
E(pandoc) --> F(HTML)
E(pandoc) --> G(PDF)
E(pandoc) --> H(Word)
E(pandoc) --> I{and more}
Barplot zur Häufigkeit der Tumordiagnosen und deren Nachsorgehäufigkeit, des fiktiven Tumorzentrums “Cancer Center Springfield Region”
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